دکتر محمدجعفر یاحقی در سال ۱۳۲۶ در محلّۀ سردشت فردوس به‌دنیا آمد. تحصیلات ابتدایی و متوسطه را در شهر فردوس گذراند. در سال ۱۳۴۶ با رتبۀ اوّل در کنکور رشتۀ زبان و ادبیات فارسی در دانشگاه فردوسی مشهد پذیرفته شد. پس از اتمام دورۀ لیسانس، در سال ۱۳۵۰ به‌عنوان رتبه اوّل در کنکور فوق لیسانس زبان و ادبیات فارسی دانشگاه مشهد پذیرفته شد. وی در سال ۱۳۵۴ با درجۀ ممتاز از پایان‌نامۀ خود دفاع کرد و به پیشنهاد دکتر غلامحسین یوسفی به عنوان مربی در بخش زبان و ادبیات فارسی دانشگاه فردوسی استخدام شد. پس از استخدام در دانشگاه، در آزمون دورۀ دکتری زبان وادبیات فارسی دانشگاه تهران شرکت کرد و با رتبۀ اوّل پذیرفته شد. بنابراین هم‌زمان با تدریس در دانشگاه فردوسی مشهد، در دورۀ دکتری دانشگاه تهران به تحصیل پرداخت. وی در سال ۱۳۵۹ از پایان‌نامۀ دکتری خود در دانشگاه تهران با درجۀ ممتاز دفاع کرد. در سال ۱۳۶۷ به رتبۀ دانشیاری ارتقا یافت شد و در سال۱۳۷۲ به مرتبۀ استادی رسید.
ایشان از سال 1354 تا کنون مشغول به ارائۀ خدمات علمی، پژوهشی و اجرایی در دانشگاه فردوسی مشهد بوده و این خدمات و فعالیت های علمی همچنان تداوم دارد. از جمله مسئولیت های ایشان می توان به مدیریت گروه زبان و ادبیات فارسی (1381 - 1382)، معاونت پژوهشی دانشکدۀ ادبیات و علوم دانشگاه فردوسی مشهد (1372 – 1375) و مدیریت قطب علمی فردوسی‌شناسی و ادبیات خراسان (از سال 1381 تا کنون) اشاره کرد.
وی در سال 1375 با کتاب فرهنگنامۀ قرآنی، برگزیدۀ چهاردهمین دورۀ جشنوارۀ کتاب سال جمهوری اسلامی ایران شد. همچنین به واسطۀ تصحیح کتاب تاریخ بیهقی در سال 1389 نیز در بیست و هشتمین دوره، مجدداً برگزیدۀ جشنوارۀ کتاب سال جمهوری اسلامی ایران گردید. او همچنین در سال تحصیلی 1377 – 1378 به عنوان استاد نمونۀ کشوری منتخب گردید.
ایشان در آذرماه سال 1399 طی حُکمی به عنوان استاد ممتاز دانشگاه فردوسی مشهد معرفی گردید.